Los fondos documentales representan la mayor agrupación de documentos que existen en un archivo, y pueden ser temáticos o por periodos, de cualquier formato o soporte, producidos, reunidos, organizados y utilizados por cualquier persona, organismo o institución en el desempeño de sus actividades.

Este fondo es el más antiguo y robusto del Archivo Municipal, cuenta con libros desde 1607 y hasta el año 2018, los cuales se encuentran clasificados por fecha día, mes y año. En este fondo el usuario podrá investigar los asuntos que se expidieron en el seno del Cabildo Municipal de la ciudad, acuerdos, ordenanzas, reglamentos, obras, autorizaciones, reconocimientos y un largo eje temático por medio de los documentos oficiales del Gobierno Municipal. Cabe mencionar que este fondo tiene diferentes formatos o tamaños de libros, desde carta, oficio y doble carta. Resaltan en interés el primer libro resguardado que abarca de 1607 a 1668, con algunas referencias del alarife Martín Casillas; entre otras cosas. El libro de 1771 de asuntos de índole geológico y vulcanológico; el compendio de 1776 que contiene la copia de la cédula real en la cual se otorga escudo de armas a la ciudad de Guadalajara; el libro de 1792 que contiene datos del ilustre benefactor de la ciudad, fray Antonio Alcalde y Barriga; el de 1811 con información del Padre de la Patria Don Miguel Hidalgo; el libro de 1821 por su parte señala entre sus hojas la Proclama de la Independencia de la Nueva Galicia. Todo este fondo alberga antecedentes de la conformación de los ayuntamientos tapatíos a lo largo del tiempo.

La fototeca es el fondo en el cual se resguardan, ordenan, clasifican y conservan las fotografías que integran el patrimonio en imágenes de la ciudad. Se encuentra catalogada cronológicamente y de manera temática, consta de aproximadamente de 30,000 imágenes físicas y digitalizadas; todas a disposición y para consulta del público en general. La fototeca contiene fotografías desde 1886, la mayoría de éstas en blanco y negro, ilustran diferentes aspectos de la historia de la ciudad de Guadalajara, principalmente la obra pública, como es la construcción de mercados, algunas escuelas -donde intervino el municipio-, parques, plazas y jardines, calles y avenidas, por otro lado muestran a lo largo del tiempo, las diferentes autoridades al frente del gobierno tapatío, alcaldes, regidores y otras autoridades. Forman parte de la fototeca los libros de registros de oficios, entre los cuales se conservan los de Domésticos, Aguadores, Lecheros, Mandaderos, Cargadores, Billeteros, Boleros, Libertades Preparatorias, Panaderos y Boticarios-Farmacéuticos, los cuales engloban a través de ellos, rasgos, expresiones, peinados, vestidos, costumbres y formas de la sociedad tapatía, fondo que ha resultado muy apreciado por investigadores sociales, historiadores, antropólogos, retratistas, artistas, diseñadores y otros más.

Está integrada por planos de la ciudad de Guadalajara, un original del ingeniero Bancalari de 1896 y facsímiles de diversas épocas más antiguas, originales de la ciudad desde inicio del siglo XX, mapas del Estado de Jalisco, además planos de parques, colonias, escuelas, mercados, jardines, asimismo de planos de casas particulares desde el año de 1937, donde se detalla mediante el plano de construcción la obra de cada propiedad, con la respectiva licencia de construcción y datos del propietario e ingenieros o arquitectos constructores. Entre los planos más consultados están los del Parque Agua Azul, Parque Alcalde, Parque Morelos (la antigua Alameda), Parque Revolución, mercados como el Corona, Libertad, San Juan de Dios, Ávila Camacho o de Santa Teresita, el IV Centenario o de la Capilla de Jesús; entre otros. Son prácticamente las fotografías de la evolución que ha tenido la ciudad a lo largo del tiempo, su fisonomía urbana por medio de su crecimiento como urbe y capital del Estado de Jalisco.

Son manuscritos y mecanoscritos, como ya se comentó el más antiguo de 1573, que pertenece al ramo de la Administración Colonial, otros ramos que integran este fondo son: Agua, Abasto de Carnes, Ayuntamiento, Asuntos Eclesiásticos, Agricultura, Alhóndiga, Bellas Artes, Cementerios, Comunicaciones, Comercio, Censos, Diversiones Públicas, Elecciones, Educación, Ejidos, Extranjeros, Ganadería, Gobierno del Estado, Gobierno de la República, Gobierno del Departamento de Jalisco, Gremios, Hacienda, Industria, Comunidades Indígenas, Primer Imperio, Justicia, Milicia, Obras Públicas, Policía, Registro Civil, Sanidad, Tierras. Estos documentos están en cajas acomodados por años, ramos y sub ramos. Parte de ellos ya se digitalizaron. Existen una gran número de libros contables, cementerios, informes municipales, estatales y federales; reglamentación del municipio, impresos y carteles.